外语系成立于1952年，前身为安徽医学院基础部外语教研室， 主要承担全校本、硕、博及继续教育员工的英、日、拉丁语等教学工作。2021年至今，依托医学语言与文化中心，开展语言相关教研科研工作，重点聚焦“语言+医学”方向研究。此外，还承担机房管理维护与无纸化机考、全国医学英语水平考试（METS）报名及考试组织、全英文授课教师语言培训、非学历教育英语培训、各级各类英语竞赛指导及校员工社团指导等工作。

       外语系现有教职员工45人，其中专任教师41人、教辅4人。专任教师中，副教授13人、讲师27人、助教1人。目前管理杏林路校区机房5间，承担英语、计算机、文献检索等课程的日常教学，同时为校内课程期末无纸化机考、临床医学专业（本科）水平测试理论机考、中国汉语水平考试（HSK）等考试提供技术支撑与保障。